Los agricultores orgánicos no utilizan formulaciones sintéticas de fertilizantes, y esta restricción es parte de la razón de que los productos orgánicos tiene relativamente más altos valores nutricionales. Los agricultores fertilizar sus cultivos mediante la adición de materia orgánica al suelo en forma de compost, cultivos de cobertura y abonos. La materia orgánica se alimenta de microorganismos en el suelo que, en el proceso de comer y vivir y morir, reciclan los nutrientes incorporados en la materia orgánica. Los microbios no sólo liberan lentamente el nitrógeno, fósforo y potasio, pero también una gran cantidad de otros nutrientes en proporciones difíciles de replicar con fertilizantes sintéticos.
Los niveles de antioxidantes más altos se encuentran en los productos orgánicos, muchos antioxidantes ayudan a una planta a resistir las enfermedades,y a disuadir a las plagas y recuperarse de los daños causados por insectos. Dado que las plantas de cultivo biológico no tienen el "beneficio". es por eso que las plantas orgánicas son capaces de reunir sus propias defensas y por lo tanto, producen un altos niveles de antioxidantes.